T-RFLP解析と次世代シーケンスの違いを教えて下さい?

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糞便の菌叢解析を検討しています。
T-RFLP解析と次世代シーケンスの違いを教えて下さい

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お世話になります。
T-RFLPとNGSの違いについて、質問します。
弊社ではどちらの解析も貴社にお願いしておりますが、例えばバクテロイデス属の割合が明らかにTRFのほうが多い、Othersが明らかにNGSのほうが多い、Clostridium系統菌群がNGSのほうが多いなど、両者の違いが大きい気がしています。
このあたり、ご教授願えますでしょうか?

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T-RFLP(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) 解析は、末端蛍光標識したプライマーセットで鋳型DNAをPCR増幅し、制限酵素による消化後、フラグメント解析を行います。
フラグメント解析は、塩基配列の違いにより制限酵素切断部位が異なることを利用し、検出ピークの強度、位置、数により評価・比較する断片多型性解析です。

このピークを、データベースと照合し、分類群として属から目で推定をします。

 

次世代シーケンス・アンプリコン解析(NGS)は、糞便、唾液、汚泥や土壌などの多様な生物種が混在する検体より、直接抽出した混合DNAについて検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行い、一度に数万~数十万の配列を得る手法です。

得られる塩基配列に基づきデータベース(塩基配列と推定される分類群)と照合し、分類群として種レベルで推定が可能です。
解析する分類階級を選択することも可能です。

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