マウスの腸内細菌叢検索、および腸内短鎖脂肪酸分析につきまして

ビュー921件腸内環境
0

株式会社 テクノスルガラボ ご担当者様
これから、マウスにおける腸内細菌叢と糞便中短鎖脂肪酸分析を行う予定のものです。
お聞きしたいのですが、マウスにおける腸内細菌叢は貴社の分析で評価できますでしょうか?
貴社のホームページでヒト、ブタ、イヌ、ニワトリ、ネコの腸内細菌叢はデータベース化されていること、また、Q&Aページでは「ラットの腸内細菌叢分析は可能ですが、ヒトのデータベースで行います」との記載を拝見しましたが、マウスの腸内細菌叢分析でもヒトのデータベースを用いて行うような形でしょうか?(その方法が一般的なのでしょうか?)もし、そちらで問題なく分析が行えるようであれば、検査の依頼を検討しておりまして、教えて頂ければ幸いです。(また、もし貴社での分析を使用したマウスの論文などが発表されていれば併せて教えて頂ければ幸いです。)
何卒よろしくお願い申し上げます。

公開するステータスを変更しました
0

ご質問いただきありがとうございます。
 マウスにおける腸内細菌叢を網羅的に調べる方法として、当社では次世代シーケンス・アンプリコン解析もしくはT-RFLPフローラ解析があります。質問の内容からT-RFLPフローラ解析の質問として回答させていただきます。
 現状で適切なT-RFLPフローラ解析用のマウス腸内細菌のデータベースがないため、マウスの糞便でも、お客様のご依頼があればヒト腸内細菌のデータベースを用いて解析してます。T-RFLPでは検出されるピーク断片長を用いてデータベース(予測ピーク断片長と推定される分類群)と照合することで、分類群を推定することができます。そのためマウス糞便からヒト腸内細菌のデータベースを用いて分離群の推定も可能ですが、その推定の正確性はヒト糞便からヒト腸内細菌のデータベースを用いて推定した場合よりも低くなります。
 
 論文としては、下記の通り当社での分析としていくつか報告されていますが、より正確に分類群の推定を行いたい場合には、塩基配列データを元にした次世代シーケンス・アンプリコン解析をおすすめいたします。
・Miyazawa, K., Yoda, K., Kawase, M., Harata, G. & He, F. (2015). Influence of orally administered Lactobacillus GG on respiratory immune response in a murine model of diet‐induced obesity. Microbiol Immunol 59, 99-103.
・Kohata, Y., Nakahara, K., Tanigawa, T., Yamagami, H., Shiba, M., Watanabe, T., Tominaga, K., Fujiwara, Y. & Arakawa, T. Rebamipide Alters the Esophageal Microbiome and Reduces the Incidence of Barrett’s Esophagus in a Rat Model. Dig Dis Sci, 1-8.
・Unno, T., Hisada, T. & Takahashi, S. (2015). Hesperetin Modifies the Composition of Fecal Microbiota and Increases Cecal Levels of Short Chain Fatty Acids in Rats. J Agric Food Chem.
・Ishikawa, H., Takaki, A., Tsuzaki, R., Yasunaka, T., Koike, K., Shimomura, Y., Seki, H., Matsushita, H., Miyake, Y. & Ikeda, F. (2014). L-carnitine prevents progression of non-alcoholic steatohepatitis in a mouse model with upregulation of mitochondrial pathway. PLoS One 9, e100627.
・Ishikawa, H., Takaki, A., Tsuzaki, R., Yasunaka, T., Koike, K., Shimomura, Y., Seki, H., Matsushita, H., Miyake, Y. & Ikeda, F. (2014). L-carnitine prevents progression of non-alcoholic steatohepatitis in a mouse model with upregulation of mitochondrial pathway. PLoS One 9, e100627.
・Yoda, K., He, F., Miyazawa, K., Kawase, M., Kubota, A. & Hiramatsu, M. (2012). Orally administered heat‐killed Lactobacillus gasseri TMC0356 alters respiratory immune responses and intestinal microbiota of diet‐induced obese mice. J Appl Microbiol 113, 155-162.
・Imaeda, H., Fujimoto, T., Takahashi, K., Kasumi, E., Fujiyama, Y. & Andoh, A. (2012). Terminal-restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis for changes in the gut microbiota profiles of indomethacin-and rebamipide-treated mice. Digestion 86, 250-257.

編集した質問